生态保护红线包括水源涵养、生物多样性维护、水土保持等生态功能极重要区域和生态极敏感脆弱区域。我区生态保护红线共9块，分别为：通榆河（大丰区）饮用水源保护区、兴化市通榆河合陈水源地、麻菜珩领海基点保护区、东沙泥螺四角蛤种质资源保护区、盐城泥螺石蝗种质资源保护区、江苏大丰麋鹿国家级自然保护区、江苏盐城湿地珍禽国家级自然保护区、江苏盐城大丰临海省级森林公园、麻菜珩特别保护海岛，总面积1804.9平方公里。

生态保护红线内，自然保护地核心保护区原则上禁止人为活动，其他区域严格禁止开发性、生产性建设活动，在符合现行法律法规前提下，除国家重大战略项目外，仅允许对生态功能不造成破坏的有限活动。